De governancestructuur van de Eurometropool is opgebouwd rond drie peilers: centraal staat de politieke organisatie van de EGTS waarin de 14 betrokken besturen vertegenwoordigd zijn. De zetel van de EGTS is gevestigd in Lille.

Daarnaast is een Agentschap, een soort van technische staf opgericht. Zij houden kantoor in Kortrijk, op het Casinoplein. .

Tenslotte is er de afvaardiging van het middenveld. Zij zijn verenigd in het Forum van de Eurometropool en leveren vooral input en adviezen aan. Het Forum vergadert in Tournai. In totaal telt het Forum 60 leden: 30 daarvan worden aangeleverd door de Fransen en komen uit de 'Conseil de déveoppement de Lille métropole'. De 30 anderen komen uit het Belgische middenveld en zijn netjes verdeeld tussen Vlaanderen en Wallonië.  Voor Wallonië is het de 'Conseil de développement Wallonie Picarde' die de leden aanduidt, voor Vlaanderen is dit Transforum vzw. .

Hier kan u een overzichtelijk organisatieschema van de Eurometropool downloaden.